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Fin mars, une étude avait, elle, rapporté un cas très particulier, celui d'une infection du cerveau, une encéphalopathie hémorragique aiguë nécrosante chez une femme d'une cinquantaine d'années. D'autres cas isolés de myélite, ou de syndrome de Guillain Barré, ont depuis été décrits. Dans l'état actuel des connaissances, les mécanismes impliqués évoquent la capacité du virus, une fois présent dans les fosses nasales, à gagner le bulbe olfactif pour ensuite remonter vers le cerveau.
À noter qu'en France les troubles de la vigilance (somnolence, confusion) ne sont pas considérés comme des signes devant évoquer le diagnostic de Covid-19, à la différence des États-Unis, où ils apparaissent sur la page "symptômes" des Centers of Disease Control.